希腊圣域的雅典娜是保护人间的神，每隔200年，雅典娜会转世人间，在雅典娜周围有一群战士保护着她，一共88人，他们被称为女神的圣斗士。
城户光政将自己的100个儿子送往世界各地修炼培养成青铜圣斗士，几年后，银河擂台赛在东京正式展开，胜者可以获得人马座黄金圣衣……
由已故城户光政的孙女城户沙织所举行的银河擂台赛在东京正式展开，参加的选手是由世界各地受训回来的青铜圣斗士，优胜的选手可夺得人马座黄金圣衣。于是，星矢、紫龙、冰河、瞬等人因为不同的目的而参加银河擂台赛，可是擂台赛由于暗黑圣斗士的出现而中断……
同一辉率领的黑暗圣斗士的战斗结束后，圣域方面不断派出杀手来处决纱织小姐，甚至还有白银圣斗士……
教皇亚历士见众多的白银圣斗士亦不敌星矢他们一班青铜圣斗士，终于，连黄金圣斗士也要出动了。狮子座的艾奥里亚因要为哥哥艾奥罗斯洗去污名，因此自愿出发。穿上了人马座黄金圣衣的星矢仍然不是艾奥里亚的敌手，幸得沙织以女神的身份出现，再加上艾奥罗斯的灵魂帮助星矢，艾奥里亚终于明白真相，返回圣域找亚历士算帐。
沙织率领一班青铜圣斗士来到希腊圣域与教皇决战，可是沙织被黄金之箭射中，一定要在十二小时内突破十二宫并找出教皇才能救回沙织一命。于是星矢、紫龙、冰河、瞬决定冒死突破十二宫。
白羊座穆先生先替星矢他们修好圣衣，接着说出了第七感的奥秘。于是星矢来到了金牛宫，在几经恶战后把亚尔迪的牛角拔去，亚尔迪很佩服星矢的勇气，于是让他们通过了金牛宫。来到了像幻觉迷宫的双子宫，紫龙由于双目失明所以不被幻觉所困扰，带着星矢赶去下一宫。另一方面，瞬几乎被打进异次元空间，幸有星云锁链的帮助，终突破了双子宫。
紫龙在巨蟹宫遇到了邪恶的迪斯马斯克，更被他打下黄泉。同时迪斯马斯克发出念动波攻击祈祷中的春丽，紫龙因此而爆发他的小宇宙，把连巨蟹圣衣亦离他而去的迪斯马斯克打败并回到人界。这时星矢已到达狮子宫，再次与被操纵的艾奥里亚对决。因为卡西欧士为星矢挡了光速拳而牺牲，所以艾奥里亚受感动而回复本性。接着星矢、紫龙、瞬来到处女宫，三人联手亦不敌被喻为最接近神的处女座沙加，此时一辉赶来，但仍不是沙加的对手。六感亦被夺去的一辉最后只好抱着沙加自爆，一同消失于夜空中。
在天秤宫，众人见到被封于冰柜中的冰河。就在这时，天秤圣衣出现，紫龙用其中的剑将冰河救了出来。来到天蝎宫，米罗和冰河发生激战。到最后，米罗终于知道他们保护的乃是真正的雅典娜，所以点了冰河的真央点，恢愎冰河的五感。人马座圣衣特然飞往人马宫，引领星矢他们看见艾奥罗斯的遗书，使青铜圣斗士们充满斗志。
接下来，由紫龙对山羊座修罗，他正是十三年前杀死艾奥罗斯的真凶。紫龙为了战胜修罗，便使出禁招庐山亢龙霸，和修罗同归于尽。跟着，冰河在水瓶宫再对卡妙，双方使出曙光女神之宽恕互斗，结果二人同力尽而倒地。瞬单独留下对付双鱼座阿布罗狄，虽然星云暴风把阿布罗狄击败，但是自已亦被索命白攻瑰剌中心脏。
星矢赶到教庭，看到善良的教皇，他命星矢到雅典娜神殿拿取神盾去救雅典娜。但是教皇突然变成邪恶的化身，并穿上了双子座黄金圣衣，原来他就是十三年前失踪的撒加。这时复活过来的一辉牵制着撒加，星矢终能拿到神盾救回雅典娜。女神得到剩下的黄金圣斗士迎接，赶去教庭，途中救回濒死的紫龙、冰河及瞬。到最后，撒加被星矢集合众人力量的一拳回复善良，含着泪向女神手杖自尽。至此圣战宣布结束，邪恶再一次离开圣域。
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