故事延续上一集的剧情，母体发现人类最后的堡垒城市锡安原来藏在接近地球核心的深处，而人类只剩七十二小时能阻止几千艘状似乌贼的巡逻舰大举进攻。他们的唯一希望就是找到一名被称为“关键人物”的神秘人物，而他则是受到一对耍弹簧刀的大坏蛋“双胞胎”看守，这对白子双胞胎杀手拥有如鬼魂般的隐形能力。
除了第一集的原班人马－基诺李维饰演的尼欧、劳伦斯费许朋饰演的莫斐斯、凯莉安摩斯饰演的崔妮蒂、雨果维明饰演的史密斯以及已故女演员葛莉亚佛斯特饰演的祭师－【骇客任务：重装上阵】一片也加入全新角色，包括菩萨般的角色赛若肤、莫斐斯的前任情人奈尔碧（洁达苹姬史密斯饰），以及看上尼欧的蛇蝎美女波赛芬尼（莫妮卡贝露琪饰）。
这两部续集透露了很多细节，【重装上阵】将揭开母体本身的秘密，它其实是一座比纽约市大十倍的超级城市，里面有更新、更凶恶的电脑人。 另外史密斯干员也学会像电脑病毒一样不断自我复制，在一场华卓斯基兄弟称为“虚拟摄影”的镜头中，尼欧将和一百名史密斯干员对决。
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