《柯南》的主人公——高中生工藤新一虽然只有17岁，但凭借着来自著名侦探小说家的父亲的优良遗传基因（又是一个优生学的拥护者），以高超的推理能力破获了不少令警察们束手无策的悬案，成为了名噪一时的名侦探（日语即大侦探的意思！）。
然而命运之神却跟他开了个大玩笑，一次在他与青梅竹马的女友毛利兰到游乐场约会的时候，无意间看到了两个正在进行非法交易的黑衣人，不料却被第三个黑衣人同伙发现，从后面击将其击昏，并乘机给他喂下了犯罪组织新研制出来的一种毒药。幸运的新一虽然大难未死，可是当他醒来时却发现自己居然变成了5岁小孩的模样。
为了避免让黑社会组织知道自己还活着，从而连累到身边的人给他们引来杀身之祸，新一只将此事告诉了邻居阿笠博士。在博士的帮助下新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚，并化名为“江户川柯南”，成功的瞒过了小兰并且寄宿到她家——毛利侦探事务所，结识了小兰的父亲毛利小五郎侦探（此人绝对够资格被评为世上最无能和最自大的糊涂侦探！），从而开始了一个“史上最年轻的名侦探”的精彩探案历程。
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