U.C.0079年12月31日，宇宙要阿巴·瓦·库攻防战接近尾声时，吉恩军的迪拉兹中将获知基连·扎比总帅死亡的消息后，明白大势已去，率领自己的舰队悄悄地退出了战场。0080年3月，迪拉兹搜集不愿向联邦投降的吉恩残余部队来到地月之间的暗礁宙域，在此建立其基地“荆棘之国(茨园）”。在这之后，迪拉兹一直积蓄其力量，并不断地关注着联邦军的行动。
0081年10月13日，地球联邦政府开展联邦军再建计划，其中包括重建殖民卫星以及高达开发计划。这一计划在0083年初被迪拉兹得知，于是他开始酝酿“星屑作战”。8月，被放逐到小行星阿克西斯的吉恩公国军的领导人马哈拉加·卡恩死亡，其女哈曼.卡恩出任幼主美妮瓦·扎比的摄政官，并与迪拉兹签订互援协约。9月，阿纳海姆电子技术公司（A.E）在月面都市冯·布拉文的工厂制造的新型RX-78高达GP-01、GP-02A完工，由联邦军战舰阿鲁比昂号运往地球澳大利亚的特林敦基地，在那里将进行两台高达的最后测试，A.E的系统工程师妮娜·帕普顿也随船同行。
10月，科·乌拉基少尉配属的小队将担任高达的测试驾驶员。至于两台高达各有其特点，GP-01是以机动性为主，装备着轻型高性能的装甲，是偏重于近身格斗型MS；GP-02以远程攻击为主，装甲十分厚重且具有防核能力，并搭载着核弹头。迪拉兹的心腹阿纳贝尔·卡多曾在一年战争中于所罗门宙域以击毁数艘联邦战舰而闻名，是与夏亚齐名的机师，被称为“所罗门的恶梦”。10月13日，卡多化妆成联邦军上校偷偷进入特林敦基地，在其战友的掩护下抢走了搭载核弹的GP-02，特林敦基地的司令亦死于这场混乱中。科擅自开动GP-01追击对方，虽然击落了前来接应卡多的飞船，但也损失了一位战友，并让卡多逃脱。补给后的阿鲁比昂号受命追回GP-02，新补充进来的两位驾驶员是队长的老部下，他们指责因为科的缘故而令战友处于危险的境地，并对他担任GP-01驾驶员而感到不满。于是双方溜出基地，用MS比试一下，看谁最有资格驾驶高达。结果，科凭着运气和GP-01优越的性能取得了胜利，妮娜则从测试数据中发现科能将GP-01的机动性很好地发挥出来。众人追踪卡多来到了非洲，那里有一个吉恩军的秘密基地，其中有一台MS用HTL，可以送GP-02A到宇宙中去。该基地的人们抱着必死的觉悟和阿鲁比昂号展开激烈的战斗，在他们的掩护下，卡多和GP-02一起成功地离开了地球。
来到太空的卡多受到其伙伴希玛的粗暴欢迎，当见到迪拉兹后不免责怪他不应将希玛拉入伙，因为那是一个不可靠的女人。狄拉兹却不以为然，他认为干大事需要各种各样的人。追击到宇宙的阿鲁比昂号遭到希玛舰队的狙击，第一次来到宇宙的科还没习惯过来，GP-01就被希玛打得支离破碎，幸得战友及时相救才免于一死。
为了维修GP-01以及补给物资，阿鲁比昂号来到了月面都市冯·布拉文，A.E的总部。妮娜和她的同事们加班加点地替GP-01改装成宇宙形态GP-01FB型。与此同时，科和战友们来到都市中的酒吧消遣，本就很沮丧的他被其他两位驾驶员嘲笑，一气之下冲出酒吧后又被街头的流氓殴打。当他醒来时，发现自己被一位名叫凯利的独臂男子所救。凯利乃一年战争时吉恩军的驾驶员，虽然受伤失去一只手臂，但作为军人的斗志却仍然象火一样旺盛。在他的维修厂中还保留着一台大战中留下的MAMA-06瓦尔瓦罗。读过卡多寄给自己的磁盘，凯利心中又升起新的希望，他希望修复MA后参加迪拉兹舰队，以证明自己虽然断了一臂但还能作个出色的驾驶员。和阿鲁比昂号同时进入冯·布拉文补给的希玛在和凯利谈话的情景被科看到，当其走后考责问凯利是否吉恩军的人，并与他打了起来，结果可想而知，被打倒在地的人当然是科。漫无目的地走在公路上的科遇到了妮娜，一番交谈令考茅塞顿开。他再度回修理厂，帮助凯利一同修好了MA。次日，希玛的部下带了一箱金块来买凯利的MA，并嘲笑他“谁会将贵重的MA交给一个独臂的人来驾驶呢？”另一边，返回阿鲁比昂号的科积极地驾驶着GP-01Fb进行各种测试，并习惯了在宇宙中作战。就在阿鲁比昂出航的时候，一心想证明自己存在价值的凯利驾驶着MA来袭，并点名要和高达决一死战。在生死搏斗中，深深了解凯利心境的科亲手击毁了MA，带着沉重的心情踏上征途。
迪拉兹向联邦军宣战后，联邦军决定继续召开四年一次的观舰礼，集结所有的主力舰队至康培岛（处于所罗门宙域），欲以声势浩大的阵势来震摄迪拉兹。阿鲁比昂号亦受命编入康培岛的护卫舰队。这种作法正中迪拉兹的下怀，他命卡多驾驶GP-02A突袭康培岛，用核弹对付联邦军。在刺目的爆炸中，联邦军的舰队被摧毁2/3！卡多在归途中又与追踪而至的科相遇，一场眼花缭乱的战斗之后，两台高达同归于尽，两位驾驶员都及时逃脱。
卡多再次创造“所罗门的恶梦”的同时，希玛舰队占领了正在修复中的两个殖民卫星，并割断其镜片令卫星向月球移动。阿鲁比昂获知这一消息后，火速前往宇宙空间站拉比安玫瑰，欲提取宇宙用MAGP-03D。但是，该站的指挥官却接到报告要阿鲁比昂在此保护GP-03D，至于追击狄拉兹舰队一事，全都交于康培岛的残余部队，根本用不着科他们多事。最后，科在GP-03D设计者妮娜同事的帮助下，夺取了GP-03D。而妮娜反对科驾驶GP-03D的本意也被其同事揭穿：三年前在月面都市，妮娜和卡多曾是恋人！这让喜欢妮娜的科大吃一惊。
卫星即将撞向月球时，冯·布拉文市长为求自保，在希玛的授意下替卫星加足推进燃料，令其往地球飞去。至于马不停踢赶到月球附近的联邦军队则因燃料耗尽而无法继续追击，于是拦截卫星的重任又落到了阿鲁比昂号身上。与此同时，卡多从阿克西斯先遣舰队的手中，得到了吉恩军秘密开发的MA——AMX-002露维.吉露。当卫星开始进入轨道时，希玛突然叛变并射杀了迪拉兹。驻守地球的联邦军加米托夫中将从投靠他的希玛口中知晓对付卫星的方法，那就是一年战争最后时期的“太阳炮”系统，即利用反光镜收集能源而产生巨大的破坏力，可以摧毁整个卫星！混战中，希玛驾驶由本是GP-04原型改成的AGX-04红色角马出击迎战科，以灵活性为主的AGX-04不敌装备了I-FLID光束武器防御系统火力强大的GP-03D，被科用主炮轰得什么都不剩了，联邦军虽然启动了“太阳炮系统”，但中途被卡多破坏未能完全摧毁卫星。
在卫星控制室中卡多调整好最后的轨道，遇到前来阻止他的妮娜，此时科亦来到并开枪打伤了卡多。面对现在和过去的两个恋人，妮娜最后还是选择了卡多。当妮娜和卡多离开后，科茫然地驾驶着GP-03D飞出卫星，出乎意料之外，他看到正在等他的卡多！两人之间的恩怨就此做最后的了断！但是，当他们打得不分胜负时，残留的“太阳炮系统”再次启动并不顾自己人尚处于射程内向卫星方向发射，巨大的白光过后，战场上一片狼籍，卡多在危急时用AMX-002保护了科，自己却被严重损坏。卫星依然落下，地球再次受到巨大的打击。卡多和剩下战友们驾驶着支离破碎的机体，拼命地冲击随后赶至的联邦军大部队部下的天罗地网，在其后面有阿克西斯舰队在等候着他们。“只剩一人也好，一定要活着回去！”卡多鼓励着战友们，然而受到联邦军警告的阿克西斯舰队不得不离开战场。心早以和MA化为一体的卡多驾驶伤痕累累的AMX-002用最后一丝力气撞向一艘战舰。妮娜独自驾驶着核战机离开阿克西斯舰队，返回地球，核战机的闪光引起了飘飞在战场废墟中的科的注意，他在驾驶舱内久久地凝视着……
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