“变种人,自从他们的诞生之日起,便背负起了世人的怀疑、憎恶与恐惧。现在整个星球都在争论着:变种人是人类进化的下一环吗?抑或只不过是来与自己分享这个世界的全新人种?!?无论答案是前者或是后者,与其它物种分享世界,从来都不曾是人类的本性……”——身为变种人领袖的X教授,以一番充满感召力的独白,为《X战警2》气势宏大的故事背景揭开帷幕。
《X战警2》的剧情延续了前作的大环境:包括富有正义感的X战警在内的变种人,在普通人的眼中,他们却代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁。潜藏在整个社会中的敌视心态,迫使着X教授和他的X学院,仍旧不得不在一个不信任他们的社会中挣扎求存。
故事开场紧接着第一集的结尾,“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校,隐姓埋名前往艾卡里湖(AkaliLake)工业中心;另一边,人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像;万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常,但是X战警们没有察觉到,在这个世界的黑暗深处,新的阴谋正在悄悄临近。