在变节的绝地武士杜库伯爵的策动之下,几千个太阳星系决定脱离银河系共和国,分离份子包围了数百个星球,力量强大的企业联盟向银河系摆出威胁的姿态,火力之强悍,连绝地武士也难以招架。各地的骚动都源起于酝酿已久的神秘原力,导致即将开始的复制人战争,也是银河共和国开始踏上灭亡之路。
银河系共和国的联合议会决定组成临时军队,出兵攻打分离主义份子,而其中一名议员,也就是那卜星球前任女王艾米达拉(娜塔莉波曼饰),极力反对「以暴制暴」的策略,但并不是每个人都同意艾米达拉维护和平的决心,因此艾米达拉数次遭到刺杀。
绝地武士欧比王(伊恩麦奎格饰)派出他的徒弟天行者安纳金(海登克理斯坦森饰),负责保护艾米达拉的安全。在『星际大战首部曲:威胁潜伏』还是十来岁小男孩的安纳金,此时已长成英俊挺拔的少年。
当这个年轻人护送艾米达拉退到宛如世外桃源的安全避难所时,一种微妙、青涩的情绪开始滋生,这将挑战艾米达拉一向只以天下为己任的做事态度,以及安纳金为成为绝地武士应该恪遵「不得动怒,不得憎恨,不得动情」的誓言。在这动汤不安的迫切时机,他俩意识到他们所做的任何选择,不只会改变他们的命运,更是整个银河系共和国的未来。
同时,欧比王为了进一步调查星际冲突的根源所在,冒著生命危险深入到遥远的海底世界。他发现这个蛮荒之地已有高度开发,同时正进行著各种不可思议的运作,这一切甚至可能影响银河未来的命运。星际战争爆发的时机,远比绝地武士、或整个共和国所想像的更加接近...