《黑客帝国2》讲述的是电脑母体（Matrix）遭到病毒攻击，尼奥、孟斐斯和Trinity等一众战士要拯救被困在母体中的人类。而越来越多的人从被困的虚拟世界里醒悟过来，他们都努力要生活在真实的世界里。随着这些人数量的增加，人类与病毒之间的战争转移到人类聚居的地球核心城市Zion（Zion成为人类最后的真实世界），人类在这里作最后抵抗，它也成为人类的作战中心。
奇诺饰演的Neo与同伴反击杀人网络Matrix，Matrix也同样大力反击，并制造出杀人病毒Virii突袭Neo等人。Neo不幸中招后失去了自由和穿梭虚拟人类世界与Matrix世界的能力，变回没有超能力的普通人。
与此同时，Trinity(凯利-安妮-莫斯饰)等人在Matrix世界受到大批Virii的袭击而无可奈何，因为Virii有打不死的再生能力，Trinity的性命也危在旦夕……Neo唯一可以做的，就是找出病毒根源，将制造病毒的机械人CPU毁掉，在故事的结尾Neo会突出重围并解开Matrix之谜……
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