21世纪初期的东京。和母亲一起生活的高中生?神名绫人，在前往模試会场的中途遇到了突然在高空出现的不明航空部队的攻击东京。
在破坏的街上，绫人在对自己的图画酷似的风景里面与奇怪的少女?美嶋玲香见面了。被玲香引导着搭地下铁，对神殿前进的绫人，与卵中巨大的人型的存在「RahXephon」出现的瞬间有缘了。
「想看真相」为了那个说法，谜的女性紫东方遙和绫人坐VTOL逃出东京尝试的时，被玲香引导与RahXephon同步的绫人进入其内。终于觉醒的时刻来了。
粉碎巨大武器D1的RahXephon，就这样从东京飞离了。
从外面看故乡的绫人，在那里目击如巨大的木星般的「TOKYOJUPITER」。对谜的存在MU占据的首都，对奇怪的膜关闭，居民过着虚伪的生活。而且在外部，12年的时间流逝了…。支配东京的「青的的血」的人类是什么人？绫人和RahXehone有怎样的关系呢？然后在真实的世界，等候绫人的是怎样的命运？
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