故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工业中心；另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像；万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X战警们没有察觉到，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。

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