上回说到NEO同学终于意识到自己的能力和使命,在中弹“复活”的同时,他也变成了无所不能“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生:NEO将带领锡安基地的人民,打响对机器世界的反击战,并将以胜利者的姿态结束这场战斗,还人类以自由之身。他的使命会实现吗?矩阵会那么甘心被摧毁吗?
实际上,整个《重装上阵》是NEO探寻自己使命背后真相的过程,他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在上集打败密探史密斯、救出墨菲斯之后,NEO随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起,乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里,他们和其他自由战士们聚集到了一起,其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比美眉。另外,基地的政治家们也上场了。