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在不久的将来，不论网络如何先进，政治分裂和人种差异仍然存在……
一名叫代田的男子向盖佛共和国（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇护的要求，遭到日本外交部下属的六组（谈判组）组长的反对。当六组正在和该外交官交涉时，九组的上校从天而降，击毙了外交官。实际上这是帮的六组的忙。因为代田是外交部的一项名为2501计划的主要设计者，而该计划现在出了问题，六组自然不会放他到国外而泄露秘密。
2501计划—即“Puppet Master”，中文称作“傀儡王”，是外交部用来消灭异己的工具。他象一个病毒，安装程序在特定的Ghost之中来控制他人，以达到外交部不可 告人的政治目的，所以称为 Puppet Master。
然而傀儡王在穿越网络的过程中渐渐察觉 他自己的存在，产生了自我的意识，对六组来说就是失控了，所以六组很着急将他抓回来。
击毙盖佛共和国的外交官的上校是麦格公司制作的带有人脑细胞的机器人，是九组的特工人员，同在一起的还有巴特和一名由警署调来的德古沙，后者是九组除了组长以外的唯一一个基本保持原有身体的人。 正当外相和盖佛共和国就要举行密谈的时候，Puppet Master 侵入了外相的翻译， 九组怀疑他是想来行刺。
傀儡王为了不留痕迹采用了一种叫HA-3的旧病毒，但是还需2小时才能突破保护层。巴特驾车追踪信号来源，发现信号来自一辆垃圾车，每7分钟换一个地点。然而巴特的追踪被发现了，垃圾车改变了路线。这时垃圾工的指使者，一个戴有热光罩的男子出现了，并持有强火力的机关枪，几乎逃脱了巴特的追捕，最后隐身的上校截住并制服了他。实际上，他和那名垃圾工一样都是被傀儡王偷走记忆的可怜虫。
一名机器人被车撞倒而送到九组。九组怀疑她的电脑中产生了Ghost，实际上是她被傀儡王侵入。傀儡王无法突破九组的防护网，所以才故意撞坏自己。这时六组组长中村带着一名手下来访。他们以外相的名义要求九组交出带有傀儡王的躯体。突然傀儡王开口说话，他说他是有思想而存在的生命体，要求得到政治庇护。
心细的德古沙发现和中村一起来的还有一名装备热身罩的机器人。 九组还来不及行动，那名隐身人先下手了，他在混乱中抢走了傀儡王。 九组的石川进入外交部的网络，查明了傀儡王的真实身份，即2501计划，于是一切真相大白，追捕行动开始了。
上校追踪到一座大教堂式的建筑物，遇到了对方强有力的坦克的狙击。在强大的机器面前，上校也不堪一击，拉断了双臂而险些丧命。还好巴特赶到，用重武器救出了上校。Puppet Master说出了自己的身份，提出要和上校融合merge），以完成他所缺乏的作为生命的最基本的两个生命过程：生育和死亡。不妙六组的直升机追来，不惜代价决定摧毁傀儡王和上校。两束激光聚在上校的头上，随后上校巴特的一支胳膊被炸得四散。而在此之前，傀儡王和上校已经完成了合体。九组的直升机也赶来了，六组还来不及摧毁另一个就匆匆撤退了。 由于九组的检举，外相被迫辞职，中村被审查。
巴特将“上校”带回家，并为之装配了一个新的身体。这位既不是上校也不是 傀儡王的新生体告别巴特，迎接她的是一个无限的网络空间……(编辑：鸣人
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