立志成为出色的神奇宝贝训练师,小智、小遙和小勝,带着皮卡丘展天了新旅程。为了观看千年彗星出現的剎那,來到恩斯遊乐场,认识魔術師巴特勒與黛安。在魔術表演中,小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
那是在「沉眠之繭」中沉睡了千年,可幫助人們達成願望的神奇寶貝─基拉祈。在千年彗星出現的夜晚,如果遇上了擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。 為了讓基拉祈醒來,巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴,果然,基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。
雖然基拉祈只能停留短暫的7日後便會消失,但是還沒有屬於自己的神奇寶貝的小勝,對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒,因為知道基拉祈擁有神奇的力量,便把基拉祈給搶走,並且想利用他來完成願望,不懷好意的巴特勒,他的願望是什麼呢? 小智與小勝要如何克服困難,成功救出同伴呢?小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢?
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